面对义军的四面出击，小笠原忠清和福岛正晴的镇压最初并未有太大效果，四月二十四日，两人决定在岭南地区发起总动员，为民兵配发武器装备，按照一一的例将其与日军合编，从而使参战兵力瞬间达到四万五千余人。这一方面增强了民兵的战斗力，另一方面强化了指挥，使得民兵不再各自为战，增强的军势的组织和协调力。
这种改编的成果是显而易见的，在日军与民兵的紧密配合下，朝鲜义军的在各地都在遭受重创，其擅长的游击战也难以开展，战争的天平开始逐步向日军倾斜。
四月二十六日，白袄军主力在顺天城郊遭遇惨败，郑仁弘被民兵首领王承安（后成为“辅明军”总大将，率部参与了萨尔浒大战，因功擢升大明光州总兵官）讨取，白袄军也随之溃败，再也不成气候；二十七日，联军对伽倻山发动总攻，孙仁甲于当晚被叛徒鸩杀，福岛正晴按照约定允许仅剩的八百余人出山，其愿意留下的允许回老家耕作，不愿留下的则允许其前往江原道或京畿道并发放盘缠。自此，持续两年的朝鲜义军骚动基本终结，此后虽然仍时有小股义军在鸟岭周边活动，但已不成气候，岭南地区实现了久违的安全和稳定。
除此之外，各族民兵在此次战役表现出色，后来经秀保应允，正式允许其自行组建军队维持地方治安，其以王承安的“辅明军”、陈可基的“护国军”、松本元盛的“西海军”最为出名，这三支军队在后来对抗女真人的战斗表现出色，陈可基更是一度官至辽东经略、挂兵部尚书衔，成为在朝汉人的佼佼者。当然，这些都是后话。
经过六天的激战，阻碍小笠原忠清出兵的外部障碍已经扫除，接下来便是清理珍岛的毛利军和影岛的岛津军。也许是知道计划落空，且单凭一己之力难以阻止驻朝大军出海，繁沢元氏竟率领毛利军撤离珍岛，坐船返回了长门国。而喜入忠续则不愿撤退，率领岛津军坚守影岛水寨。
影岛最终在二十八日清晨被福岛正晴率部攻克，丰臣军损失战船三十余艘，死伤军势五百余人；岛津军方面，喜入忠续腹部弹后切腹自尽，全军阵亡者达五百八十人，剩余的二百余人被押解至釜山看押。
至此，朝鲜的战事才算是真正结束，小笠原忠清随即率领两万五千精锐军势（其铁炮队三千八百人）和三百余艘战船前往九州，但由于得知加藤清正已离开熊本城，岛津忠恒也离开了内城，因此决定偷袭岛津氏后方，用一招釜底抽薪，彻底断绝岛津氏据城死守的念想。