朱由检之所以对李三才全面否定，是因为他最痛恨这种人的行为。
以李三才为代表的部份文官，在夺权上很有一手。甚至还很会经营名声，得到朝野赞誉。
但是细数功绩，这些人又没做出多少。例如李三才在夺取漕运总兵的权力之后，根本没有能力治军——
漕军兵马十二万，沿岸一百多个卫所，在朱由检看来是很强的力量。但是在李三才等文官手中，基本上被废弃。
所以在了解到漕运的现状后，朱由检坚持复设漕运总兵，并且使用武勋。
这自然引起了文官反弹，户部尚书毕自严道：
“昔年漕运总兵存在时，多有不法之事，随意役使军卫。”
“而且久裁而复，应当从长计议。”
朱由检仍旧还在气头上，斥责道：
“漕运总兵纵有不法，也不会放任漕帮坐大。”
“朕最痛恨的就是某些官员只知夺权，却从不思量有没有能力运用权力。”
“但凡漕运总督能够好好治军，朕何至于在朝堂上讨论漕帮之事？”
“漕运总兵复设势在必行，专门负责管理漕军。”
“漕运总督兼任漕军护军使，下设护军都尉，协调漕军和沿途府县的关系。”
这番话语让一些文官脸面无光，却又放下了心。
因为皇帝复设的不是以前位在漕运总督之上的总督漕运总兵官，而是专管漕军的漕运总兵。两者的地位最多平行，甚至漕运总兵还低一些。
文官夺取的漕运权力基本还在，只是分出了治军权力。
所以他们对皇帝拿李三才指桑骂槐，指责一些文官的行为，只能默默听着。
甚至一些人心里，觉得皇帝的评价没错，以李三才为代表的部分文官，就是那样的人。
就连曾经为李三才辩解的刘宗周，这次都没有再辩解。
顾宪成曾经把李三才和孔子相比，他的后继者钱谦益，此时也没有在这上面发言。
在紫阁功臣和紫阁贤臣设立后，群臣现在大多都有了一点谱，知道什么样的事情，在皇帝眼中算功绩。
李三才纵然名高，在抑止税监、体恤民情上很受赞誉，但是和其他功臣贤臣相比，却真的没有什么拿出手的功绩。
皇帝对他的全面否定、甚至拿他做李化龙的反面，让一些臣子心中凛然，知道当今皇帝需要能干事的臣子。只有做出实事，才有名列紫阁的机会。
朱由检发泄一通，告诫群臣用心做事之后，选择见好就收，不引起更大的反弹。
接下来他和群臣议定，明确漕运总兵和漕运总督的职责。并且在下面设立三个协同督运参将和护军都尉，分别负责北直隶、山东、南直隶境内河段。
对于三个参将，朱由检具体要求道：
“三个参将要从漕军中挑选精兵，建立至少六千人的参将营。”
“将来南北直隶、山东、河南等临近运河的地方发生变乱，朝廷第一个要调遣的，就是这三个参将营。”
“以后他们要以运河为依托，训练快速机动能力。”
把运河当做后世的铁路看待，朱由检不但没有废弃，还加强了漕运衙门的权力。设立独立的税务司、廷尉署、卫尉署等机构，负责税收和司法执法工作。
并责令兵部尚书袁可立为三个参将营划定防区，制定地方出现变乱时的调兵顺序。设立航运公司，安抚和漕运有关的利益集团：
“海运和漕运虽有竞争，却不是你死我活的关系。”
“纵然以后海运成熟了，运河也不可能被废弃。”
“它的作用不止是运粮，还有调兵、运货、运人等用途。”