一切的开始都是在一处深海中，在这里挖矿公司已经发现的他们需要的东西，那个显示挖掘什么铀矿石之类的情况，结果发现没有放射性，检测之后发现这些矿石都衰变了。于是挖矿公司继续深挖。
在发现了大骨架之后，发现了一个孢子和一个已经孵化并逃脱的穆托的痕迹，这时候帝王计划小组出击，控制全场，将挖矿公司的人全部控制。之后帝王计划中年轻的博士，拿着一张模糊的哥斯拉的照片和大骨架进行对比，并向上级交流。
福特的老爸，乔已经进入电站的时候，发现了刚从电站调查资料出来的年轻博士，两人不幸撞了一下，看到了博士衣服里面奇怪的资料和公文包里，哥斯拉模糊的照片，充满了惊讶，他想到了自己以前遇到的东西了，也是异常的吃惊了起来了。
乔看到了地波形这一部分，也是吃惊了起来，感觉到周围的晃动，然后电站地震，福特的母亲已经被困。
福特在远处的外面里，看着远处倒下的电站，隐隐约约在烟雾里看到穆托的触角，并看到了远处涌起的奇怪海潮。然后福特父亲和福特逃出电站附近，乔用铅笔随手画出了帝王计划的生物和哥斯拉的大致样子，福瑞表示这和上课画的大恐龙很像。
一晃几个月就过去了，哥斯拉也是躲避了起来，吸收着最新的力量了，但是振动的波形越来越强，乔因为要取回自己的磁盘被抓，福特从美国去营救。在家里，乔告诉儿子自己对这些波形的研究，通过回声定位法，发现了一个东西越来越近哥斯拉，然后表示自己研究生物声学，发现了一些和他们试着沟通的方法，并用自己制作的工具进行了一个演示，结果马上就有两次地震进行回馈，一次是穆托，一次是哥斯拉，这些都是他们掌控的办法了。
于是乔要回去取回15年前的数据，再次进入隔离区被抓，发现却没有辐射很是奇怪，之后遇到了早已经等待好的天网，这些也是他们思考的情况了。
“乔博士，你好啊！你应该是发现了什么吧！”天网看着乔，微笑的说道了。
“没错，我发现了很多的东西了，所以也是我们思考的问题了。”乔看着天网，知道一切也是点了点头，不想在说什么了，所以才能去解决这些问题了。
福特得到了乔的消息后，就来到了乔的家里，结果则发现父亲画的会喷火的大恐龙儿童画，看了一会，似乎想起了什么。福特被抓之后送到了原核电的基地，有看到了帝王计划的穆托，乔似乎明白了什么，陷入沉思。
天网也是躲避在了周围，他也是不想让计划没有彻底开始的时候，出现了这里，所以有些他们都明白的情况了。
乔在车上告诉福特，自己似乎发现有两个东西在和自己交谈，而他们之间也有交流。之后被分开调查，乔讲出了自己对于穆托预测，比如他重新要出来，比如他吸收辐射，并认出了15年后的博士，却因为穆托成熟要离开的事故而死。
“乔和福特，你们两个应该快一点离开这里吧！”天网看着他们两个，淡淡的说了起来了。