纽约市，曼哈顿地区，安布雷拉公司。
“天网，这次准备好，我们带上纳米虫，其他的东西不用带也是可以的。”秦天看着天网若有所思的说道。
“我知道，终于可以到下一个位面世界了。”天网显然也是非常的高兴的，这样的情况让他们感觉到都可以。
“我们这次去能够真实的虚拟世界吗？”天网充满了笑容的说道，这些都是他们非常需要的东西。
“没错，那个也是我们获取的科技。”秦天点了点头，肯定的说道。
“那么准备出发吧！”秦天看着天网严肃的说道，看着天网点头，秦天开启了穿越世界的能力。
随着秦天的身上爆发出了时空之力，穿越这个世界的纬度，到达了下一个世界的纬度了。
《黑客帝国3》的真实世界中，一片灰蒙蒙的，好像是失落的世界一样，没有阳光，没有植物，没有生机，仿佛一切都消失了一样。
“终于到了。”秦天看着这个世界满意了起来，这个是他需要的东西。
秦天慢慢的思考起了剧情来，《黑客帝国3》世界的剧情是这样的，面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。
此时，“救世主“尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体“中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体“和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获……
锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个“母体“的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。
在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，“母体“又面临着一次翻天覆地的“重载“……
?秦天思考完剧情，就想到了其他的方面，比如机械大帝营造了一个非同一般的虚拟世界。这个真实的虚拟世界的理解很需要，秦天来费一番功夫。
?尼奥和史密斯都是机械大帝的两个系统，在这两个系统当中尼奥代表着那些正义，他们竭尽所能维持自我生存的意义。所以锡安基地建立了出来，尼奥也是人类的救世主。
而在虚拟世界的世界里，人类就是一个个既定的程序，在程序中体现着自己的功能。尼奥和史密斯的冲突。让这个机器文明时代的整合，结果使得群体的界限更加明晰，两个群体就在这样的相互冲突中实现了系统的改变。
??这个世界的最后阶段，也是人类与机器之战的结局。锡安的军队，在志愿者泽和基德等的帮助下，将展开面对机器大军的最后一战。这一战不但关系人类最后一个基地内居民的性命，更关系到人类本身的存亡。
可惜的是抵抗军内部早埋下不安定的因素，即被史密斯所侵入的本。变得更加强大的史密斯探员，连矩阵也无法掌控，他的存在同时威胁到真实世界与矩阵双方的存在。
而先知给了尼奥最后的指引，尼奥虽知道她身为程序，所说之言可能只是程序的又一设计，却还是接受。