打赢了小明后的真嗣经过几天的旅行，此时来到了森林中的一座神奇宝贝中心，来到这的真嗣就放出了所有的精灵，来进行特训······
“雷丘，十万伏特，哥达鸭，水炮，哈克龙，龙之波动，风速狗，喷射火焰，椰蛋树，叶风暴，化石翼龙，尽量闪避。”真嗣喊道。
“化石~”
化石翼龙听到后就不断的避开大家的技能攻击，但毕竟化石翼龙已经沉睡了几千年，身体还没恢复过来，反应还是很迟钝，避开了第一下的攻击，但没避开第二次的攻击，还是被打中了，真嗣见此也就只能留在这里几天，为化石翼龙训练反应。
几天后——
“回来吧，化石翼龙。”真嗣喊道。
经过几天的训练，化石翼龙的身体已经恢复的差不多了，这次真嗣训练完后就把化石翼龙和其他精灵都收了回来，见天色已经很晚了，就决定回到神奇宝贝中心好好休息一晚，明天再准备继续旅行。
神奇宝贝中心——
“道馆，我的椰蛋树交给你了！”真嗣对着电话里的雷嗣说道。
“好的，没问题，我会好好照顾椰蛋树的。”大哥雷嗣笑道。
······
就在真嗣准备回房间休息时，一声熟悉的出现了·······
“妙蛙种子的身体非常不舒服，请问他是不是生病了？”
真嗣转过身子来果然看到了小智三人。
“这个该不会是······”乔伊小姐看着妙蛙种子说道。
“连自己的精灵要进化都不知道，这就是你所谓的对精灵的爱吗.”真嗣嘲笑道。
“真嗣？你怎么会在这？”小刚问道。
“你这种人有什么资格说我对精灵的爱不够啊？”小智看见真嗣愤怒的喊道，但转眼一想真嗣的话，惊讶道：“你是说我的妙蛙种子要进化吗？”
“哼！”
“对啊，妙蛙种子这样的确是出现进化的征兆啊！”乔伊小姐恍然大悟道。
“妙蛙种子进化后可以进化成妙蛙草。”小霞抱着波克比说道。
“那么我的妙蛙种子什么时候会进化啊？”小智满脸期待的问着乔伊。
“你先等一下。”乔伊小姐说道。
乔伊小姐说着就把小智一行人带到窗户旁边来看外面开满鲜花的草地，之后乔伊小姐对大家解说了有关于妙蛙种子不思议花园的传说。
随后大家也都各自回房休息了，但在半夜时，真嗣就被小智的惨叫声吓醒了，真嗣知道小智会发现妙蛙种子不见掉，然后去寻找，真嗣也穿上了衣服，跟着小智三人后面，去寻找不思议花园了。
不思议花园——