第一次征日战争虽然失败，但是自我感觉十分良好的忽必烈竟然认为经过此战日本必定已经领略到了蒙古大军的威力，会因此而屈服，遂再次派遣使者要求日本称臣纳贡做小弟。
但日本人很不给这位薛禅汗面子，很干脆的斩杀了蒙古来使，表示你若战，便来战。
忽必烈自然不会忍气吞声，在灭掉南宋之后，便着手准备第二次东征。远征军的士兵有中原各地、蒙古和高丽召集至沿海地区接受登陆作战训练，远征军的粮秣补给也源源不断地从全国各地征集，于此同时高丽和中国东南沿海的造船厂也昼夜赶工，制造大小战船和运兵船。
如此大规模的行动自然无法保密，日本人一直严密监视着元朝的一举一动，早已从各种渠道获知了忽必烈的计划，对即将到来的第二次“蒙古来袭”做了充足的战争准备。
此时的日本政局稳定，一代枭雄北条时宗对镰仓幕府和日本各藩的控制力远胜以往，因此得以集中更多的人力物力抗击蒙古人的入侵。
幕府与九州征用民夫于博多湾——这个敌人最有可能登陆的地区眼海滩修筑了一道石墙，用以阻碍蒙古骑兵。
当敌人的进攻日期临近时，北条宗盛和北条宗政分别率领精锐武士军开往本州和九州沿海地区布防，北条宗政的镇西军后来成为战斗的主力。同时九州各藩开始动员民兵，日本其他地区的武士也赶来参战。
公元一千二百八十一年，元帝国庞大的远征军由江浙和朝鲜两地同时出发。此次出征的军容十分壮观，共有大小船只近五千艘，军队约二十万，其中蒙古人四万五千人，高丽人五万多，汉人约十万，其中汉人大半为新附军（收编的南宋军），远征军中蒙古人自然是作战的中坚力量。
北方出海的舰队于五月底如日本人所料抵达博多湾，在等待南方舰队期间，蒙古人轻而易举的攻占了博多湾的几个岛屿，一如既往的将岛上的居民全部屠杀，岛上的建筑物也被他们全部焚毁。
六月上旬，南方舰队抵达，两支庞大的舰队在九州外海汇合，之后元军开始登陆作战，登陆地点九龙山距上次战争主力部队登陆的地点不远。
这一次，元朝远征军遭遇到了更加顽强，更加有效的抵抗，日本军队以石墙为掩护，不断击退元朝的进攻，还伺机组织反冲锋。
日本人最成功的一次反击击溃了高丽军主力，高丽军统帅兼东征大军副统帅，已经入侵过一次日本的洪茶丘被俘杀，几名蒙古高级军官也相继阵亡。
激烈的战斗持续了一个多月，远征军的损失已经超过三分之一，但依然不能突破石墙。到七月下旬，元军的粮草和箭矢都已告罄，此时无论蒙古人还是日本人大概都以为这次战争的结局会和上次相同，以元军的撤退收场。