某天，孔林夕再次约孟小影到琴房见面，来的却是甄思，甄思的告白，孟小影恰好看到，之后孔林夕就没有再看到孟小影。
于是，孔林夕到处寻找孟小影，却始终找不到孟小影。
瞌睡中醒过来的孔林夕，就发生了“隔空留言”。
思念小影的孔林夕再次来到第一次见面的老琴房，根据回忆谈起《secret》，然后被穿越到了30年后，40年后，50年后。
穿越几次后孔林夕终于明白“不能说的秘密”的全部真相，真相是距离地球3亿光年的某个黑洞发生大爆炸，引起时空乱流，导致有着20年时空差距的孟小影在梦中与的孔林夕交换身体，邂后，而且还能通过镜像沟通，但随着时空乱流恢复正常，两人不能再互换身体。
而在2015年的时空里，考上中音的孟小影并没有找到孔林夕，但是在琴房弹奏一本失传的琴谱《secret》时，又再次引发时空乱流被穿越到20年后的同一间教室，与被琴声吸引的孔林夕相遇，相恋。
但这种因时空乱流穿越是有副作用的，孟小影最终消失在整个时空里，只留在孔林夕的脑海里。
以上就是魔改后的大致剧情。
魔改之后的《不能说的秘密》，相比原片，影片的前半部分没那么老套。原片中通过叶湘伦，路小雨两个名字的首字母yxl和lxy来暗示时空倒流，关于路小雨更是给出了四个结局，有悲有喜，有明有暗。
没读北电之前，姚东也只看出了路小雨孝喘和叶湘伦穿越到20年前两人在一起的的两个结局，也没发现yxl和lxy的暗示。
所以为了给普通观众减轻观影难度。
叶湘伦改成了孔林夕，暗示是空梦一场。
路小雨也改成了孟小影，是如梦幻泡影的一个结局。
而且通过弹奏《secret》穿越设定改成是只能去未来，而不能回到过去，这样也只留下一个悲剧的结局。
两相对比，魔改后的《不能说的秘密》普通观众不用等多年以后才能看懂，结局也更加的催泪，孟小影被全世界给忘了，唯独存在孔林夕的脑海里。
但是魔改后需要的演员增多了，而且需要两地取景拍摄，再加上定制的道具、场景，成本自然也就上去了。
原版《不能说的秘密》具体制片成本姚东是不知道的，如果姚东按照原版拍摄，成本撑死1500万。
当初青云影视拿到魔改后的剧本，做出的预算是2000万，其中不包括在京城、江城两地购买的街边商铺成本，这玩意算进去不好和合作方分账。
魔改之后真正难做需要国外做的特效就只有两个，一个影片开头出字幕时的黑洞爆炸镜头，另外的就是2015年时空的孟小影从江城到京城“行驶中的高铁”几秒钟的镜头。
这两镜头，做的好当然会给影片加分，可真找国外做，成本又得加几百万的成本，制片成本每多一百万，票房得多近三百万才能盈利。
姚东虽然没指望电影能赚钱，但自己和茜茜的第一部电影就亏钱了，传出去多难听啊？
思来想去，姚东决定，高铁那镜头直接用过场动画代替。
至于黑洞爆炸？姚东重生前倒是看过不知真假的黑洞照片，黑洞爆炸是啥样谁都没见过啥样，就找香港的做吧，反正不影响剧情。
把最难两个镜头给解决，其他的一些方桉，就得一边制作分镜头脚本一边计划了。
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